FACSVerse的光学系统特有微型化的检测光学装置，以及整合在滤光片装置中的微处理器，让配置检测自动化。如果仪器配置与定义的实验参数不一致，仪器会发出警告，从而保证了结果的可靠性；

FACSVerse全新的液流系统，使得对样本上样装置类型的兼容范围具有最大限度的广泛和灵活。用户可以从微量离心管 (~0.5ml)到50 ml圆锥管的范围内灵活选择，以便于连续的样本采集。液流系统除具备基本高速、中速、低速模式外，还增加了高灵敏度模式，增强分析的灵敏度，这四种模式的流速分别为120、60、12和40-55μL/min。

FACSVerse流式细胞仪配备全新的FACSuite操作软件，内在的智能性增强。该软件将常规操作实现了自动化，将仪器操作大大简化并防止人为操作误差的发生；而在进行多色分析实验不再需要繁琐的进行荧光补偿值的修正，免除了补偿修正环节操作，还节省试剂耗材消耗；此外，FACSuite软件使得assays和experiments的设置可以被直接输出并共享到任一台其他的FACSVerse系统上面使用，最大程度地降低了不同仪器间及用户间的实验差异。